В Вифлеемской обители, расположенной недалеко от того места, где родился Спаситель, Иоанн принял иночество. После двухлетнего пребывания в обители в 390 году преподобный с духовным братом Германом в течение семи лет путешествовал по Фиваиде и Скитской пустыне, черпая из духовного опыта многочисленных подвижников. Вернувшись в 397 году на короткое время в Вифлеем, духовные братья три года подвизались в полном уединении, а затем отправились в Константинополь, где слушали святого Иоанна Златоуста.
В Константинополе преподобный Кассиан принял сан диакона. В 405 году константинопольский клир направил преподобного в Рим к папе Иннокентию I во главе посольства — искать защиты безвинно страдающему святителю.
В сан пресвитера преподобный Кассиан был посвящен у себя на родине. В Марселе он впервые в Галлии устроил два общежительных монастыря, мужской и женский, по уставу восточных обителей. По просьбе епископа Аптского Кастора преподобный Кассиан в 417 — 419 годах написал 12 книг «О постановлениях киновий» палестинских и египетских и 10 бесед с пустынными отцами, чтобы дать соотечественникам образцы общежительных монастырей и познакомить их с духом подвижничества православного Востока. В первой книге «О постановлениях киновий» речь идет о внешнем виде монаха; во второй — о чине ночных псалмов и молитв; в третьей — о чине дневных молитв и псалмов; в четвертой — о чине отвержения от мира; в восьми остальных — о восьми главных грехах. В беседах отеческих наставник в подвижничестве святой Кассиан говорит о цели жизни, о духовном рассуждении, о степенях отречения от мира, о желаниях плоти и духа, о восьми грехах, о бедствиях праведников, о молитве.
В последующие годы преподобным Кассианом написано еще четырнадцать бесед: о совершенной любви, о чистоте, о Божией помощи, о разумении Писания, о дарованиях Божиих, о дружбе, об употреблении языка, о четырех родах иноков, о жизни отшельнической и общежительной, о покаянии, о посте, о ночных искушениях, об умерщвлении духовном, дано толкование слов «не еже хощу, сие творю».
В 431 году святой Иоанн Кассиан написал свое последнее сочинение против Нестория, в котором собрал против ереси суждения многих восточных и западных учителей. В своих сочинениях преподобный Кассиан основывался на духовном опыте подвижников, замечая поклонникам Блаженного Августина (память 15 июня), что «благодать далеко менее всего можно защищать пышными словами и говорливым состязанием, диалектическими силлогизмами и красноречием Цицерона».
По словам преподобного Иоанна Лествичника (память 30 марта), «великий Кассиан рассуждает превосходно и возвышенно».
Святой Иоанн Кассиан Римлянин мирно почил в 435 году.